本文以武汉某制造企业加班费纠纷案为切入点，分析员工手册审批条款与事实加班之间的法律冲突，探讨劳动关系确认中规章制度的效力边界、举证责任分配及企业合规启示，指出司法实践正从形式审查转向实质审查，以遏制企业利用制度规避法定支付义务的行为。